Lavos
Lavos é um parasita alienígena que caiu do espaço no ano 65.000.000 B.C. Seu impacto sobre o planeta resultou numa era glacial e resultará no acontecimento do apocalipse.
Lavos influenciou diretamente toda a tecnologia e forma de vida no planeta, evoluindo todas as formas de vida do planeta, para cultivá-las depois, e fazê-lo assim mais forte. Não se sabe muito sobre a origem de Lavos. Depois de colidir com o planeta, ele fica sob o subsolo do mesmo, ganhando forças em milhões de anos devorando o planeta. O nome Lavos foi criado por Ayla, que ao ver Lavos entrando na atmosfera, pegando fogo, o chamou de "Grande Fogo" ("La" significa fogo e "vos" significa grande).
Pelos anos 12.000 B.C., o Reino de Zeal começa a tornar-se poderoso utilizando a energia de Lavos com uma máquina conhecida como Mammon Machine. O poder de Lavos é utilizado para tornar a rainha mais poderosa e manter tal reino flutuando. A Rainha Zeal começa a se tornar muito ambiciosa com o poder de Lavos, e ordena a construção de uma espécie de usina de energia no fundo do oceano, para se captar melhor o poder de Lavos. Isso deixa aparentemente Lavos nervoso, e ele emerge do fundo da terra e ataca a superfíce, voltando a imergir para o fundo do planeta logo em seguida.
Em 1.999 A.D., no "Dia de Lavos", ele emerge novamente e faz ocorrer uma chuva de fogo em todo o mundo, e sobe ao alto da montanha Death Peak, gerando descendentes que colonizarão outros planetas. No ano 2.300 A.D., os poucos humanos sobreviventes vivem em ruínas, sobre o solo queimado.
Depois que a turma de aventureiros descobre a viagem no tempo e o destino da humanidade, começa a viajar pelas eras a fim de destruir Lavos e criar um novo futuro.
Uma vez Lavos destruído, o jogo acaba, e um dos múltiplos finais do jogo é mostrado, que depende do que foi feito pelo jogador no jogo.
Ciclo de vida de Lavos
A seguir o processo de vida de Lavos, segundo explicado em Chrono Trigger:
Lavos cai no planeta;
Enterra-se no fundo do planeta, construindo um ninho;
Enquanto ele hiberna em seu ninho, ele subconsciente e forçadamente evolui toda a vida do planeta, constantemente coletando DNA de toda coisa viva no mundo. Como a raça humana é a dominante, isso explica a verdadeira forma de Lavos ser humanóide;
Enquanto ele hiberna, ele também evolui ele mesmo;
Depois de terminada sua evolução, ele desperta, e destrói todos os seres vivos que ele ajudou a desenvolver;
Quando o apocalipse está terminado, ele usa seu DNA combinado com o DNA de todos os seres vivos para produzir descendentes;
Os descendentes crescem, e deixam o planeta para continuar o ciclo.
Rainha Zeal
Zeal é uma rainha sedenta por poder de 12000 B.C. que tentou controlar Lavos e absorver seus poderes. Apesar da devoção de Zeal a seu plano beirar a obsessão e a insanidade, certos diálogos do jogo sugerem que antes de descobrir o potencial de Lavos, ela era uma pessoa justa. Isso se reflete pelo amor incondicional de Schala pela mãe e pelos gurus, que a vêem como uma vítima e não como vilã. Ela torna-se a comandante do próspero Reino de Zeal depois que seu marido morre e a deixa com dois filhos: sua filha Schala (a mais velha) e seu filho Janus. Com o tempo, ela começa a ficar corrupta e ambiciosa devido à influência de Lavos. Ela usa sua filha para controlar a Máquina Mammon, que é usada para se extrair energia de Lavos do fundo do oceano. Esse poder de Lavos a domina por completo, fazendo-a agir em prol de Lavos. Depois do evento nomeado Queda de Zeal, a Rainha Zeal passa a morar no misterioso Black Omen, uma espécie de castelo-montanha flutuante, e passa a ser eterna.
Ozzie
Ozzie, conhecido na versão japonesa como Vinegar , é um dos generais do exército de Magus. Seu nome na versão americana é uma homenagem a Ozzy Osbourne. De acordo com o que é visto no jogo, Ozzie criou Janus e treinou suas habilidades mágicas. Porém, Janus se tornou mais poderoso do que ele e seus papéis se inverteram: Janus se tornou Magus, o novo líder dos Mystics. Ozzie continou leal a Magus quando a guerra contra o Reino de Guardia e a raça humana teve início e manteve seu posição de poder como general. O grupo de Crono enfrenta Ozzie na batalha em Zenan Bridge e no castelo de Magus. Após a derrota de Magus, Ozzie volta a assumir o comando dos Mystics e pode ser encontrado em um evento opcional, onde o mesmo enfrentará o grupo ao lado de Flea e Slash. Ozzie ainda marca presença em Chrono Cross, utilizando uma armadura roxa
Slash
Slash, conhecido na versão japonesa como Soysau , é um Místico com obsessão por espadas. Seu nome na versão americana é uma homenagem ao guitarrista Slash do grupo Guns N' Roses. Ele é considerado um excelente espadachim, e se sente satisfeito por ter a oportunidade de enfrentar Crono e Frog no castelo de Magus. Após sua derrota, Slash adquire uma nova espada, a Slasher 2, e muda seu nome para Super Slash. Ele é derrotado mais uma vez no forte de Ozzie.
Flea
Flea, conhecido na versão japonesa como Mayonnai , é um dos generais Místicos de Magus. Seu nome na versão americana é uma homenagem a Flea, do grupo Red Hot Chili Peppers. Tem a aparência de uma mulher curvilínea, mas revela que é na verdade do sexo masculino. Flea tem a habilidade de se transformar em morcego e segue os heróis antes de revelar sua verdadeira aparência. Ele é derrotado pelos heróis em seus dois encontros com o grupo. Em Chrono Cross, Flea sofreu mudanças em sua aparência e aparece com cabelos mais curtos e outra vestimenta.
Azala
Azala é a líder dos Reptites de 65,000,000 B.C. e pretendia destruir a raça humana para provar a superioridade de sua espécie, se referindo aos humanos como "macacos". Azala demonstra uma evolução superior à de outros Reptites com sua capacidade de utilizar telecinese e telepatia, tornando-a semelhante à um mago. Azala detectou um grande poder na Gate Key, mas por sua falta de experiência com viagens no tempo, não foi capaz de determinar suas qualidades com exatidão. Ela é derrotada pela equipe em Tyrano Lair. Ayla se oferece para salvar Azala após tal fato, mas a mesma recusa a ajuda e morre quando Lavos cai sobre o forte.
