Cyrus
Cyrus é um herói de 590 A.D. e o mentor de Glenn. Depois de entrar para o grupo dos cavaleiros de Guardia, os Cavaleiros da Távola Quadrada, ele se torna o líder do grupo, e é enviado a várias missões - incluindo recuperar a medalha do herói, roubada pelo Sapo Rei e procurar a lendária espada Masamune.
Em uma de suas missões, Cyrus foi morto pelo feiticeiro Magus, mesmo com a Masamune em mãos. E, nesse mesmo incidente, Glenn foi transformado em um sapo antropomórfico. Assim, Glenn fica querendo vingar a morte de Cyrus.
Pelo desenvolver do jogo, o time visita as "Ruínas do Norte". Na primeira vez, Cyrus toma a forma de um fantasma nervoso. Entretanto, visitando esta mesma ruína em sua época original (600 A.D.), com Frog na turma, fará com que a turma receba bênção do fantasma de Cyrus, e a Masamune será tornada mais forte.
Doan
Doan é um descendente dos sobreviventes da tragédia de 1999 A.D. Ele é líder dos humanos refugiados em "Arris Dome". Ele alerta o grupo sobre os robôs mais poderosos que guardam a comida no porão do local e dá aos heróis a chave de uma moto que ele usava quando jovem, para sair do local e encurtar o caminho até o portal desta era. No final do jogo, ele é revelado como descendente de Marle.
Fiona
Fiona é uma mulher de 600 A.D. que tenta replantar uma floresta em uma região árida, usando uma semente mágica de uma muda mística (tal muda começa a aparecer no jogo na Idade das Trevas, no Reino de Zeal, possivelmente desenvolvida por um dos gurus). Esta tarefa representa muito para ela e seu marido Marco.
O jogador pode alternativamente vencer o monstro Ritinite* que é a causa do deserto no local, e que odeia água. Depois de vencê-lo, Robo pede para auxiliar Fiona a replantar a floresta a tempo do casal poder ver o resultado. Após 400 anos, é criado um santuário de Fiona, onde outrora foi casa dela e lá estará Robo, mantido "conservado" pelos adoradores da Floresta Mística. Ainda continuando, os heróis fazem uma reunião denominada Reunião dos 400 anos, e Robo comenta sobre o verdadeiro criador dos portais, uma entidade, que parece ter o objetivo de mostrar os eventos ocorridos no passado e futuro para os heróis, para que os mesmo pudessem mudar o destino trágico do mundo.
Johnny
Johnny é um motoqueiro robô e o líder da gangue no Lab 32 em 2.300 A.D. Ele pode alternar sua forma entre um robô com aparência semi-humana ou um veículo similar a um triciclo. No primeiro encontro, ele desafia Crono para uma corrida para este continuar sua jornada. Depois é possível encontrar no local o item "Log Corrida", que grava os tempos feitos sempre que o jogador decidir competir com o motoqueiro. Em Chrono Cross, os restos de seu corpo podem ser vistos na área denominada Dead Sea.
Atropos XR
Atropos XR é uma robô da série R e "namorada" de Robo. O guru Gaspar avisa ao grupo que no futuro os robôs recomeçaram suas atividades com o objetivo de escravizar os humanos restantes, a partir de uma fábrica, lidarados pelo computador Mother Brain ("Cérebro-mãe"). Ela alterou Atropos e a manipulou para barrar e convencer Robo a destruir os humanos. Ambos têm uma briga particular e infelizmente no final, Robo vitorioso, danifica irreversivelmente Atropos. Depois de vencer Lavos, o futuro se altera mas Robo ainda é criado e conhece Atropos.
Dalton
Dalton é um general do Reino de Zeal, e membro da corte real, sendo um dos conselheiros da rainha Zeal. Muitas das suas aparições têm um caráter cômico, devido ao seu jeito peculiar. Dalton é ambicioso e gostaria de assumir o papel de novo rei, desejando também o poder de Lavos para si. Dalton tem um exército de Golems e invoca vários deles para atacar o grupo, durante o jogo. Após a ascensão da Black Omen e o desaparecimento da família real de Zeal, Dalton se declara o novo rei da era e prende os heróis em sua nave Blackbird. Ele rouba a Epoch do grupo e a modifica, adicionando a capacidade de voar. Por fim, ele acaba sugado por um portal que ele mesmo abriu. Na versão do jogo para Nintendo DS, Dalton mais tarde reaparece em Dimensional Vortex e ataca o grupo, por ter arruinado seus planos, e após ser derrotado novamente, foge jurando erguer um novo exército em Porre para se vingar. Isso deu origem ao poderio militar de Porre, como visto em Chrono Cross.
Rei Guardia XXI e XXXIII
Rei Guardia XXI e Rei Guardia XXXIII são os reis de Guardia nos anos 600 A.D. e 1000 A.D., respectivamente. O Rei Guardia XXXIII e sua filha Marle (Princesa Nadia), têm uma relação difícil entre si.
Kino
Kino é o segundo no comando da tribo Ioka. No início, ele não entende porque Ayla promoveu uma festa para Crono e sua turma mesmo sem conhecê-los, e por ciúmes, rouba a chave que abre os portais e entrega para os répteis seguidores de Azala. Ayla encontra Kino na floresta ao sul, a história é esclarecida e ele retorna para a Vila, de sobreaviso para se tornar o novo chefe caso Ayla morra. A tribo elege Kino como o novo chefe da tribo devido à ausência de Ayla. No final do jogo, é revelado que Kino e Ayla são os primeiros ancestrais da linhagem de Marle.
Masa e Mune
Masamune é o nome da espada que abriga os espíritos dos irmãos Masa e Mune.
Masa, Mune e Doreen (irmã mais velha) foram criados dos sonhos de Melchior. Originalmente eles viveram no palácio do Reino de Zeal, enquanto Doreen vivia na cidade de Enhasa, a "Cidade dos Sonhos". Os espíritos de Masa e Mune foram guardados dentro de uma faca de rubí feita por Melchior, que se tornou a Masamune depois do desastre com a Máquina Mammon no palácio oceano.
Por volta do ano 600 A.D., a espada foi quebrada em duas partes - a lâmina e o cabo - e os dois espíritos voltaram a suas formas originais, tomando conta da lâmina em uma caverna na montanha Denadoro. Para Crono e sua turma obterem a lâmina da Masamune, eles lutam contra Masa e Mune e os derrotam.
Os dois irmãos aparecem novamente em Chrono Cross. Eles se juntam a Doreen para formar a Mastermune, lança utilizada por Serge.
MotherBrain
MotherBrain é o computador líder dos robôs da série R que deseja que os robôs dominem o mundo após o apocalíptico "Dia de Lavos". Ela pretende matar o resto dos humanos vivos no mundo, mas pode ser derrotada durante o jogo.
Nu
Nu vem da Mitologia Grega, um líquido azul que teria dado origem aos deuses e ao universo. Ele é a criatura mais misteriosa de todo o jogo Chrono Trigger. É azul, com braços longos e finos, pequenos olhos arregalados e um pequeno tufo de cabelo verde. Os Nus estão constantemente à procura de um local para dormir, e podem ser encontrados em qualquer período de tempo, exceto em 1.999 A.D. No ano 12.000 B.C., Nus são "servos" dos "iluminados" no Reino de Zeal e são encontrados mais deles nessa era do que em qualquer outra. Um livro que tem no jogo, chamado "O Mistério da Vida", escrito por Belthasar, tem um trecho que diz: "Toda vida começa com Nu e termina com Nu. Esta é a verdade! Esta é minha crença! Pelo menos por enquanto..."
Rainha Leene
Leene é a Rainha de Guardia em 600 A.D. Quando Marle foi para 600 A.D., ela foi confundida com a rainha, quando Leene estava perdida por ter sido raptada por Yacra (disfarçado de Chanceler) e mantida em cativeiro nos fundos da igreja. Na história do passado, os guardas procuraram por ela e a acharam depois de um tempo e tudo voltou ao normal. Porém após a aparição de Marle, eles a confundiram com a rainha e pararam de procurá-la, fazendo Marle desaparecer momentaneamente (descrito por ela como "um lugar frio e escuro"). Leene confia em Frog como seu leal guardião, desde quando Cyrus ainda era vivo.
Spekkio
Spekkio , o auto-declarado "Mestre da Guerra", vive no Fim do Tempo. Ele ensina magia a Crono e seus amigos e está disposto a lutar a qualquer momento para testar suas habilidades. Ele muda de forma conforme a equipe se fortalece, e oferece prêmios valiosos quando derrotado.
Tata
Tata é um jovem de 600 A.D. que acidentalmente achou o medalhão de herói de Frog quando ele deixou cair no bar. Por isso ele foi confundido como o lendário herói que iria derrotar Magus.
Toma
Toma é um aventureiro de 600 A.D. que se denomina um "caçador de artigos especiais". Porém é sempre visto pelos heróis gastando o dinheiro que ganha tomando bebidas nos bares por onde passa. Na cidade próxima das ruínas onde Cyrus foi enterrado, Toma pede para que os heróis derramem bebida em seu túmulo, quando o mesmo morrer. Seu espírito aparece brevemente em 1000 A.D. para informar a localização da lendária Rainbow Shell, se o jogador realizar o pedido dele feito no passado.
Yakra
Yakra é um monstro que queria tomar o reino de Guardia. Ele rapta a Rainha Leene e a mantém em cativeiro na igreja da época. Ele rapta também o chanceler e o tranca num baú, assumindo sua identidade até ser desmascarado por Crono, Lucca e Frog.
