Chrono Trigger traz a jogabilidade de RPGs clássicos com diversas inovações. O jogador controla o protagonista e seus companheiros pelo mundo fictício do jogo, composto por diversas florestas, cidades e cavernas. A navegação ocorre através de um mapa aéreo de visão do mundo. Áreas como florestas, cidades e palácios são retratadas em mapas mais realistas, em que os jogadores podem conversar com habitantes para procurar itens ou serviços, resolver desafios ou enfrentar inimigos. A jogabilidade de Chrono Trigger difere dos RPGs tradicionais trazendo inimigos visíveis no mapa ao invés de encontros aleatórios. Contato com tais inimigos dá início a batalhas que ocorrem diretamente no mapa ao invés de telas de batalha específicas.
Jogadores e inimigos podem desferir ataques físicos ou mágicos durante a batalha, e jogadores podem usar itens para curar ou proteger os personagens. Cada personagem e inimigo tem um certo número de pontos de vida que podem ser reduzidos com ataques inimigos ou restaurados com itens e magias. Quando um personagem controlado pelo jogador perde todos os pontos de vida, desmaia; se todos os personagens são derrotados, o jogo acaba e deve ser restaurado a partir de onde você salvou o jogo anteriormente, em exceção de batalhas específicas que permitem ou forçam a derrota do jogador. Entre as batalhas, o jogador pode equipar seus personagens com armas, armadura, elmo e acessórios com efeitos diversos, e vários itens podem ser usados dentro e fora das batalhas. Itens e equipamentos podem ser comprados em lojas ou encontrados em baús de tesouro.
Chrono Trigger usa um sistema Active Time Battle—marca registrada dos jogos Final Fantasy e criada por Hiroyuki Itō para Final Fantasy IV—nomeado "Active Time Battle 2.0.". Cada personagem pode agir na batalha assim que uma barra de espera é preenchida. Magias e técnicas físicas são apresentadas através de um sistema chamado "Techs". Techs consomem os pontos de magia do personagem e em alguns casos possuem áreas de efeito especiais. Uma característica inovadora em tal sistema é a existência de diversas técnicas cooperativas. Cada personagem possui oito Techs que podem ser usadas em conjunto com as de outro personagem. Por exemplo, a Tech Cyclone de Crono pode ser combinada com a Flame Toss de Lucca para criar a Fire Whirl.
