- Crono: é o protagonista do jogo. Mora com sua mãe no vilarejo de Truce, governado pelo Rei Guardia XXXIII, no ano de 1000 A.D.. Seu elemento é Lightning (Trovão/Luz).
- Marle: é a princesa de Guardia. Seu nome verdadeiro é Nadia, e ela vive em pé-de-guerra com seu pai, o rei, no ano de 1000 A.D.. Seu elemento é Water (Água).
- Lucca: é uma genial inventora, habitante de Truce em 1000 A.D. e amiga de Crono. Usando de sua inteligência e criatividade, assim como seu pai, Lucca é capaz de fazer invenções incríveis, como a Gate Key, que é usada para abrir os portais temporais espalhados pelo mundo. Seu elemento é Fire (Fogo).
- Frog: é um cavaleiro do reino de Guardia em 600 A.D., cujo verdadeiro nome é Glenn. Ele era escudeiro de Cyrus, um "Cavaleiro da Távola Quadrada". Glenn foi transformado em um sapo antropomórfico por Magus. Feitiço o qual é revertido em um dos finais opcionais. Seu elemento é Water (Água).
- Robo: é um robô criado no ano de 2.300 A.D para auxiliar humanos e secretamente estuda-los como uma espécie inferior em Proto Dome. Quando a equipe o encontra(no ano de 2300 A.D) ele está desativado e danificado. Mas a inteligência excepcional de Lucca, permite consertá-lo. Após a reativação, ele une-se à equipe, mas esquece de várias coisas importantes, como o lugar em que nasceu. Seu número de série é R-66Y. Seu nome verdadeiro é Prometheus. Não possui elemento, porém seus lasers possuem o elemento Shadow (Sombra/Escuridão).
- Ayla: é a chefe da tribo Ioka em 65.000.000 B.C. Seu povo está em guerra constante com os Reptites, uma raça evoluída e inteligente de répteis misturados com humanos. Não possui um elemento de magia pois nasceu antes que a magia fosse criada.
- Magus: é um mago de do Reino de Zeal e irmão de Schala, que foi separado de sua família por sua própria mãe, a Rainha Zeal que é corrompida pelo vilão do jogo Lavos. Por isso, Magus busca encontra-lo e destruí-lo como vingança. Seu nome verdadeiro é Janus. Seu elemento é Shadow (Sombra/Escuridão).
