Em Chrono Trigger o presente está no ano 1000 A.D. Deste ano, os personagens podem visitar seis eras diferentes, ou via portais, ou via Epoch (uma máquina do tempo também denominada Wings of Time). Nesses períodos de tempo, os personagens realizam vários eventos e embarcam em diferentes desafios enquanto procuram aliados na luta contra Lavos.
65.000.000 B.C. (Pré-História)
A era pré-histórica é um período em que co-existem duas espécies majoritárias: os Reptites e os Humanos, em constante conflito.
Os Reptites são uma mistura genética de répteis com humanos, e se consideram superiores aos humanos. Seus líderes residem na torre chamada Tyrano Lair, e são destruídos quando Lavos cai do Espaço no local. A queda de Lavos no planeta marca o início de uma era glacial e a extinção dos Reptites.
12.000 B.C. (Idade das Trevas)
Na Idade das Trevas de Chrono Trigger, a raça humana está dividida entre os magos, que se dizem educados e poderosos, e que vivem em uma espécie de plataforma flutuante (Zeal), acima da tempestade e da neve do período glacial, chamando-se assim de "Enlighted Ones" (Os Iluminados); e os sem poderes mágicos, sem educação, que moram em cavernas na superfície congelada e escura do planeta. São denominados "Earthbound Ones".
Este é o período em que nasceram Janus (Magus) e sua irmã Schala, as crianças da família real. Quando a procura pela imortalidade da Rainha Zeal acaba despertando Lavos, ela acaba indiretamente destruindo a civilização dos Enlighted Ones e seu reino flutuante, forçando os sobreviventes a conviverem junto aos humanos comuns.
É nessa época que vivem os três gurus: Melchior, o Guru da Vida, Belthasar, o Guru da Razão e Gaspar, o Guru do Tempo (uma alusão feita aos Três Reis Magos).
600 A.D. (Idade Média)
Essa época está dividida na luta entre monstros, chamados Místicos, e humanos. Os Místicos são liderados por Magus e seus três servos: Ozzie, Slash e Flea. Glenn e seu mentor, Cyrus, vivem nessa época. Glenn é Frog quando ainda era humano. Quando Magus mata Cyrus, ele também lança um feitiço sob Glenn, transformando-o em homem-sapo. Glenn então se esconde e autodenomina-se Frog e entra na luta contra as forças de Magus, para vingar a memória de seu mestre. Glenn é o cavaleiro-guardião da Rainha Leene.
1000 A.D. (Presente)
É a época onde começa o jogo. Há uma certa estabilidade no mundo, onde os Místicos vivem isolados dos humanos. É nessa época que vivem Crono, Marle e Lucca.
1999 A.D. (Dia de Lavos)
Neste período Lavos desperta e emerge do fundo do planeta, destruindo tudo em seu caminho. É impossível andar por esse cenário, só podendo batalhar com Lavos. Se o jogador perder a batalha, o apocalipse virá a acontecer e o final acaba com a frase "But... The Future is refused to change" ("Mas... O Futuro recusou-se a mudar").
2300 A.D. (Futuro)
Após o Apocalipse, Humanos e Místicos quase foram extintos. Alguns deles vivem em abrigos denominados domos, antes utilizados por outros fins. O mundo se tornou um deserto imenso, o céu tem constantes tempestades de raios e areia, alimento e água doce são raros. A única forma de se recuperar é passando alguns segundos dentro de máquinas denominadas "Enertron", que fazem com que a pessoa recupere todas as energias, como se tivesse dormido uma noite inteira, porém esta continua com fome. Os sobreviventes apenas esperam pela morte. Robo entra no time neste período, quando os heróis o encontram destruído e Lucca o conserta.
Fim do Tempo (The End of Time)
O Fim do Tempo não é exatamente uma data, mas sim um lugar onde todo o tempo acaba. Não há nada nesse lugar, a não ser uma pequena área onde existem pilares de luz que servem como portais do tempo.
Nesse lugar existem dois habitantes: Spekkio, o Mestre da Guerra; e um velho senhor, Gaspar, o guru do tempo.